Die Margenbesteuerung ist ein spezielles Verfahren der Umsatzsteuer, das insbesondere in der Reisebranche und beim Handel mit Gebrauchtwaren Anwendung findet. Besteuert wird nicht der gesamte Verkaufspreis, sondern nur die Differenz (Marge) zwischen Einkaufs- und Verkaufspreis. Dadurch wird vermieden, dass Umsatzsteuer mehrfach erhoben wird.
In der Buchhaltung muss die Margenbesteuerung gesondert erfasst werden, da sie nicht den Standardregeln der Umsatzsteuer entspricht. Für die Lohnbuchhaltung ist sie zwar nicht direkt relevant, allerdings müssen Unternehmen sicherstellen, dass alle steuerpflichtigen Umsätze korrekt verbucht werden, um Löhne und Gehälter aus versteuerten Gewinnen finanzieren zu können. Grundlage ist § 25 UStG, der die Sonderregelung detailliert beschreibt.